DelPhi

DelPhi é uma aplicação científica que calcula potenciais eletrostáticos dentro e ao redor de macromoléculas e as correspondentes energias eletrostáticas. Ela incorpora os efeitos da triagem mediada pela força iônica ao avaliar a equação de Poisson-Boltzmann em um número finito de pontos dentro de uma caixa de grade tridimensional. DelPhi é comumente usada na ciência de proteínas para visualizar variações na eletrostática ao longo de uma superfície proteica ou outra superfície macromolecular e para calcular os componentes eletrostáticos de várias energias. Desenvolvimento Um dos principais problemas na modelagem do potencial eletrostático de macromoléculas biológicas é que elas existem em água com uma determinada força iônica e que têm uma forma irregular. Soluções analíticas da correspondente Equação de Poisson-Boltzmann (PBE) não estão disponíveis para tais casos e a distribuição do potencial só pode ser encontrada numericamente. DelPhi, desenvolvido no laboratório do Professor Barry Honig em 1986, foi o primeiro resolvedor de PBE usado por muitos pesquisadores. A popularidade generalizada de DelPhi se deve à sua velocidade, precisão (o cálculo da energia livre eletrostática depende apenas ligeiramente da resolução da grade) e à capacidade de lidar com dimensões de grade extremamente altas. Recursos