MEGAN

MEGAN ("MEtaGenome ANalyzer") es un programa de computadora que permite el análisis optimizado de grandes conjuntos de datos metagenómicos. La metagenómica es el análisis de las secuencias genómicas de una muestra ambiental usualmente no cultivada. Un objetivo a largo plazo de la mayoría de las metagenómicas es inventariar y medir la extensión y el papel de la biodiversidad microbiana en el ecosistema debido a descubrimientos de que la diversidad de organismos microbianos y agentes virales en el ambiente es mucho mayor de lo estimado previamente. Las herramientas que permiten la investigación de conjuntos de datos muy grandes de muestras ambientales utilizando técnicas de secuenciación de escopeta en particular, como MEGAN, están diseñadas para muestrear e investigar la biodiversidad desconocida de muestras ambientales donde no se pueden utilizar técnicas más precisas con muestras más pequeñas y mejor conocidas. Fragmentos de ADN de una muestra metagenómica, como aguas oceánicas o suelo, se comparan con bases de datos de secuencias de ADN conocidas utilizando BLAST u otra herramienta de comparación de secuencias para ensamblar los segmentos en secuencias comparables discretas. MEGAN se utiliza luego para comparar las secuencias resultantes con secuencias de genes de GenBank en NCBI. El programa se utilizó para investigar el ADN de un mamut recuperado del permafrost siberiano y el conjunto de datos del Mar de los Sargazos. Introduction