STRIDE

En la estructura de proteínas, STRIDE (Structural identification) es un algoritmo para la asignación de elementos de estructura secundaria de proteínas dado las coordenadas atómicas de la proteína, según lo definido por cristalografía de rayos X, RMN de proteínas u otro método de determinación de la estructura de proteínas. Además de los criterios de enlace de hidrógeno utilizados por el algoritmo DSSP más común, los criterios de asignación de STRIDE también incluyen potenciales de ángulo diédrico. Como tal, sus criterios para definir estructuras secundarias individuales son más complejos que los de DSSP. La función de energía de STRIDE contiene un término de enlace de hidrógeno que contiene un potencial dependiente de la distancia similar a Lennard-Jones 8-6 y dos factores de dependencia angular que reflejan la planitud de la geometría optimizada del enlace de hidrógeno. Los criterios para elementos estructurales secundarios individuales, que se dividen en los mismos grupos que los reportados por DSSP, también contienen factores de probabilidad estadística derivados de exámenes empíricos de estructuras resueltas con elementos de estructura secundaria asignados visualmente extraídos del Protein Data Bank. Aunque DSSP es el método más antiguo y sigue siendo el más utilizado, la definición original de STRIDE informó que proporciona una asignación estructural más satisfactoria en al menos el 70 % de los casos. En particular, se observó que STRIDE corrige la propensión de DSSP a asignar estructuras secundarias más cortas de las que asignaría un cristalógrafo experto, por lo general debido a las variaciones locales menores en la estructura que son más comunes cerca de los extremos de los elementos de estructura secundaria. Mediante un método de ventana deslizante para suavizar las variaciones en la asignación de residuos terminales individuales, las implementaciones actuales de STRIDE y DSSP se reportan como coincidentes en hasta el 95,4 % de los casos. Tanto STRIDE como DSSP, entre otros métodos comunes de asignación de estructura secundaria, se cree que subpredicen hélices pi. Ver también DSSP Referencias